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Nf03_2015 - Dieterich, Daniela C.Identifikation von Transportergenen angereichert in Vorderhirnastrocyten durch transkriptomische Analysen a) Experimentelle Strategie: Kortex- (Cx), Hippocampus- (Hi) und Hirnstamm- (Bs) Gewebe von Mäusen, die EGFP unter der Kontrolle des Glia-spezifischen Promoters GFAP (hGFAP-EGFP) exprimieren, wurden trituriert und 50.000 EGFP-positive Zellenmittels FACS aufgereinigt, gefolgt von RNA Isolation und transkriptomische Profilerstellung mittels RNAseq. Kandidaten des SR101 Transporter Genes (von der löslichen Transporter Familie Slc) zeigten hierbei eine höhere Expression in Astrozyten aus Cx und Hi im Gegensatz zu Bs (Cx/Hi > Bs). b) Scatter-Plot von FACS Analysen mit GFP-Intensität gegen ‘Forward Scatter’ (FCS) geplottet, gegeben als beliebige Einheiten (a.u.). Blaue Punkte zeigen Hoechst 33342-positive und GFP-negative Zellen, grüne Punkte zeigen Hoechst 33342 und GFPdoppelt-positive Zellen. c) Venn-Diagramm aller im Vorderhirn angereicherten Transportergenen. Sieben mRNAs waren signifikant in Cx und Hi erhöht. d) Unterschiedlich exprimierte mRNAs, die für lösliche Transporter kodieren (Slc und Slco Genfamilien). Abgebildet sind die Gensymbole, die Zuwachs- und Durchschnittszahlen in Cx- und Bs-Proben. Die sieben als angereichert anerkannte mRNAs im Vorderhirn werden fünf Genen zugeordnet (Slc1a2 und Slco1c1 vermerkt durch jeweils zwei mRNAs). Die Detektionsgrenze wurde mit einem angepassten p-Wert <0,05 bestimmt. Cx (n=2), Hi (n=3), Bs (n=4) biologische Replikate. e) Scatter-Plot-Analyse zeigt einen hohen Grad an Reproduzierbarkeit der technischen und biologischen Replikate, als auch von Astrozyten aus verschiedenen Regionen. Vergleiche zwischen Astrozyten und Neuronen zeigen zu erwartende erhöhte Abweichungen. f) Untersuchung von Gewebe-Genexpression Daten (aus dem Allen Brain Atlas) für Topkandidaten, die unterschiedlich in Hi und Bs exprimiert werden, validieren regionale NGS Profile (a-d) (modifiziert aus (Schnell et al., 2013)). |